Κανονικά καταβάλλει κάθε χρόνο τους φόρους του στο ελληνικό Δημόσιο το Ίδρυμα Ωνάση και οι εταιρείες που το εκπροσωπούν στην Ελλάδα, καθώς δεν εξαιρούνται από την εγχώρια φορολογική νομοθεσία. Σύμφωνα με πηγές, λόγω των αυστηρών ελέγχων, το Ίδρυμα Ωνάση και οι εταιρείες που το εκπροσωπούν στην Ελλάδα καταβάλλουν κανονικά όλους τους φόρους που πληρώνουν και τα άλλα ιδρύματα, όπως είναι ο ΕΝΦΙΑ και ο Φόρος Εισοδήματος. 

Πέρα από αυτούς τους φόρους, όμως, υφίσταται και ένας ακόμα φόρος, ο Ειδικός Φόρος Ακινήτων, που είναι 15% ετησίως στην αντικειμενική αξία ενός ακινήτου. Αυτός καταβάλλεται από όλες γενικά τις offshore εταιρείες, εκτός αν δηλώνουν ένα φυσικό πρόσωπο ως τελικό οικονομικό δικαιούχο. 

Το Ίδρυμα Ωνάση έχει έδρα το Λιχτενστάιν, το οποίο είναι χώρα μέλος του Ευρωπαϊκού Οικονομικού Χώρου και μάλιστα από το 2016 κατατάσσεται στις «συνεργαζόμενες χώρες» του ΟΟΣΑ. 

Επομένως, το Ίδρυμα δεν  αποτελεί “offshore” εταιρεία. 

Οι χώρες του Ευρωπαϊκού Οικονομικού Χώρου (Ελβετία, Νορβηγία και Λιχτενστάιν), με βάση τη σχετική νομοθεσία, εξομοιώνονται φορολογικά με τις χώρες της Ευρωπαϊκής Ένωσης.

Παρ’ όλα αυτά, ως αμιγώς κοινωφελές ίδρυμα, δεν έχει κάποιο φυσικό πρόσωπο ως τελικό οικονομικό δικαιούχο.

Δεύτερη εξαίρεση από την επιβολή του φόρου αυτού είναι τα ελληνικά και ξένα κοινωφελή ιδρύματα που έχουν αποδεδειγμένα κοινωφελή δράση στην Ελλάδα. 

Ο νόμος εξαιρεί γενικά όλα τα «ξένα» κοινωφελή ιδρύματα που δραστηριοποιούνται στην Ελλάδα χωρίς να κάνει καμία διάκριση ως προς την έδρα τους εντός ή εκτός Ευρωπαϊκής Ένωσης. 

Από ό,τι φαίνεται όμως η αρμόδια εφορία ερμήνευσε τους νόμους κατά βούληση και θεώρησε ότι έπρεπε να επιρρίψει αυτόν τον φόρο του 15%, στο Ίδρυμα για τα έτη 2008 – 2012. 

Η εφορία θεώρησε ότι το Ίδρυμα δεν εξαιρείται από τον Ειδικό Φόρο Ακινήτων (15%) διότι έχει έδρα το Λιχτενστάιν που δεν είναι χώρα της Ευρωπαϊκής Ένωσης και δεν εξομοιώνεται φορολογικά με τις χώρες αυτές, παρά το ότι ο σχετικός νόμος δεν κάνει καμία τέτοια διάκριση.

Αυτή προφανώς ήταν μια άδικη ερμηνεία του νόμου, γιατί επιβάλλει στο Ίδρυμα Ωνάση να πληρώσει ένα φόρο που κανένα άλλο ίδρυμα στην Ελλάδα δεν καταβάλλει.

Η τροπολογία που πέρασε από τη Βουλή με διακομματική υποστήριξη (ψηφίσθηκε και από την Νέα Δημοκρατία, το ΚΙΝΑΛ και από ανεξάρτητους βουλευτές) αποκατέστησε την αδικία αυτή και απάλλαξε και το Ίδρυμα Ωνάση από τον φόρο τον οποίο κανένα Κοινωφελές Ιδρυμα δεν πληρώνει.