Την οριστική παραγραφή χιλιάδων φορολογικών υποθέσεων ΦΠΑ και προστίμων που έχουν επιβληθεί από το Δημόσιο σε επιχειρήσεις συνεπάγεται η απόφαση του Συμβουλίου της Επικρατείας (ΣτΕ), με την οποία προβλέπεται ότι οι φορολογικές αξιώσεις του Δημοσίου δεν μπορούν να ανατρέχουν στο παρελθόν σε χρονικό διάστημα μεγαλύτερο της πενταετίας από τη λήξη του έτους στο οποίο έπρεπε να υποβληθεί ο πρόσθετος φόρος και τα πρόστιμα. Με τον τρόπο αυτό χιλιάδες επιχειρήσεις οι οποίες ελέγχθησαν και διαπιστώθηκε ότι δεν είχαν αποδώσει τον ΦΠΑ γλιτώνουν οριστικά στο τέλος του 2018 από όλα τα πρόστιμα και τους φόρους λόγω της παρέλευσης της πενταετίας.
Η απόφαση ανοίγει τον δρόμο για την έκδοση νέων οδηγιών από την ΑΑΔΕ προς τη φορολογική διοίκηση. Το σκεπτικό της απόφασης του ΣτΕ έχει ως εξής:
Μια μονοπρόσωπη Εταιρεία Περιορισμένης Ευθύνης που είχε αντικείμενο την εμπορία τροφίμων και τηρούσε βιβλία τρίτης κατηγορίας του πρώην Κώδικα Βιβλίων και Στοιχείων κατά τη χρήση 2002, είχε ακαθάριστα έσοδα 939.007,44 ευρώ. Το 2004 προχώρησε στην υποβολή τροποποιητικής δήλωσης, προσαυξάνοντας τα ακαθάριστα έσοδά της στο 1.486.239,25 ευρώ.
Το 2010 ζητήθηκε από την εταιρεία να προσκομίσει στα βιβλία της για τη χρήση 2002 μαζί με τις συγκεντρωτικές καταστάσεις προμηθευτών- πελατών.
Ωστόσο δεν τα προσκόμισε και η ελεγκτική υπηρεσία προχώρησε το 2010 στον χαρακτηρισμό των βιβλίων ως ανακριβών και προσδιόρισε εξωλογιστικά τα ακαθάριστα έσοδά της σε 1.650.000 ευρώ.
Στη συνέχεια εξέδωσε πράξη επιπρόσθετου ΦΠΑ ύψους 207.072,87 ευρώ καθώς και προσαυξήσεις ΦΠΑ 621.218,61 ευρώ λόγω ανακρίβειας της αρχικής δήλωσης. Και μπορεί στο ενδιάμεσο να ψηφίστηκαν διατάξεις που παρέτειναν το δικαίωμα του Δημοσίου να επιβάλλει πρόσθετους φόρους και πρόστιμα, όμως, αυτές κρίθηκαν αντισυνταγματικές με απόφαση του ΣτΕ.